Citopatologija ima na Onkološkem Inštitutu dolgo tradicijo, od leta 1952. Letno pregledamo okoli 10000 vzorcev aspiracijskih biopsij ter približno 30000 vzorcev eksfoliativne citologije, kar nas uvršča med bolnišnice z najbolje vpeljano citopatologijo v svetu. Aspiracijsko biopsijo s tanko iglo je na Onkološkem inštitutu in v Sloveniji nasploh uvedla prof. dr. Marija Us-Krašovec, dr. med., ki je v letu 2005 prejela Maurice Goldblattovo priznanje, najvišje priznanje Mednarodne akademije za citologijo. Oddelek za citopatologijo služi potrebam Onkološkega inštituta, delamo pa tudi za zunanje naročnike (bolnišnice, zdravstvene domove in zasebnike). Citopatološka diagnostika na Oddelku za citopatologijo je timsko delo zdravnikov-citopatologov, laboratorijskih delavcev, presejalcev in medicinskih sester, ki delajo v ambulanti za citološke punkcije. Za zagotavljanje zanesljivosti citopatoloških diagnoz, je delo na oddelku organizirano v skladu z zahtevanimi standardi kakovosti. Laboratorij izpolnjuje vse pogoje Pravilnika o pogojih, ki jih morajo izpolnjevati laboratoriji za izvajanje preiskav na področju laboratorijske medicine (Uradni list RS, št. 64704). Enaintridesetega marca 2015 je za obdobje 5 let ponovno pridobil dovoljenje za delo za področje anatomske histopatologije in citopatologije.
Poleg rutinskega dela, ki obsega odvzem vzorcev z aspiracijsko biopsijo s tanko iglo, obdelavo in mikroskopski pregled vzorcev, obsegajo dejavnosti delavcev Oddelka za citopatologijo še:
Citopatologi sodelujemo pri dodiplomskem izobraževanju študentov medicine, pri podiplomskem izobraževanju zdravnikov in pri usposabljanju presejalcev za pregledovanje brisov materničnega vratu. Vsi zaposleni sodelujemo pri znanstveno raziskovalnem delu, ki poteka na Onkološkem inštitutu Ljubljana, predvsem v programski skupini, ki jo vodi prof. dr. Nikola Bešić, dr. med. in v projektni skupini, ki jo vodi prof. dr. Maja Primic Žakelj, dr. med. Naslov teme raziskovalnega programa je Značilnosti malignih neoplazem, pomen za diagnozo, napoved poteka bolezni in izid zdravljenja, naslov raziskovalnega projekta pa Pilotna raziskava sprejemljivosti in kakovosti samoodvzema vaginalnega vzorca za test HPV pri neodzivnicah v državnem presejalnem programu za raka materničnega vratu v državnem programu ZORA. Glavna področja raziskovalnega dela na našem oddelku obsegajo imunofenotipizacijo malignih limfomov, analizo sprememb tumorjev ščitnice, preučevanje napovednih dejavnikov raka dojke, analizo morfologije in imunocitokemičnih lastnosti nekaterih sarkomov ter analizo morfoloških, imunocitokemičnih in molekularnih lastnosti predrakavih in rakavih sprememb na materničnem vratu.