Vzorce, ki jih odvzamemo v ambulanti za citološke punkcije in vzorce, ki jih dobimo v pregled iz drugih ustanov, še isti dan pobarvamo s standardnimi citološkimi barvanji. Vzorce fiksirane na zraku barvamo po metodi Giemsa, vzorce fiksirane v Delaunay fiksativu po Papanicolaou metodi. V primeru, da smo pri aspiracijski biopsiji s tanko iglo odvzeli tudi material za dokazovanje antigenov z metodo imunocitokemije, v laboratoriju takoj naredimo reprezentativni vzorec, ki ga pregleda zdravnik in odredi število preparatov, potrebnih za izvedbo dodatne diagnostike z zgoraj omenjeno metodo. Vzorce, odvzete bolnikom, pri katerih obstaja sum na limfom, prav tako delno obdelamo isti dan, ko je bil vzorec odvzet. S hematološkim analizatorjem ali v Neubauerjevi komori določimo število limfatičnih celic v vzorcu. Od števila celic v vzorcu je namreč odvisno koliko limfomskih označevalcev bomo lahko določali, kar vpliva na natančnost citopatološke diagnoze.

Naslednji dan zdravniki na diskusijskem mikroskopu najprej pregledamo vzorce s sumom na limfom in jim določimo panel označevalcev za imunofenotipizacijo s pretočnim citometrom. Sledi pregled vzorcev, na katerih je potrebna dodatna diagnostika z metodo imunocitokemije in naročanje ustreznih markerjev za opredelitev ali potrditev suma na določeno bolezen. Medtem ko tehnično osebje izvaja metode za dodatno diagnostiko bolj zapletenih primerov, zdravniki pregledamo in zaključimo večino vzorcev, pobarvanih le s standardnimi barvanji. Sledi še pregled zanimivih in/ ali zapletenih primerov na konziliju zdravnikov in presejalcev ob diskusijskem mikroskopu med 10.30 in 11.30 uro. V tem času so znani že prvi rezultati dodatnih diagnostičnih metod. Na ta način organizirano delo nam omogoča, da je večina diagnostičnih primerov, tudi tistih, pri katerih je potrebna dodatna diagnostika, zaključenih že en dan po odvzemu celičnega vzorca. V nujnih primerih se po predhodnem dogovoru z zdravnikom, diagnostika lahko izpelje že na dan odvzema vzorca za citološko preiskavo. To velja za primere, pri katerih za diagnostiko niso potrebna imunocitokemična barvanja. Tudi diagnostika limfomov je lahko opravljena že na dan odvzema vzorca, če je material na oddelku do 12.00 ure.

Zdravniki citopatologi na željo radiologov sodelujemo tudi pri slikovno vodenih aspiracijskih biopsijah na Onkološkem inštitutu Ljubljana ter na Inštitutu za radiologijo in Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana, kjer s pomočjo hitrega barvanja ugotavljamo ali je vzorec primeren za citopatološko preiskavo. Izjemoma izvajamo aspiracijske biopsije pri težko pokretnih ali nepokretnih bolnikih na bolniških oddelkih Onkološkega inštituta Ljubljana in Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana. Slaba stran te storitve je, da ne moremo takoj preveriti ali je vzorec primeren za citopatološko preiskavo, kot to lahko naredimo v naši ambulanti na Onkološkem inštitutu, ki je opremljena z mikroskopom. Zdravnik, ki je na določen dan zadolžen za odvzem citoloških vzorcev na bolniških oddelkih je zadolžen tudi za pregled odtisov varovalnih bezgavk med operacijo bolnic s karcinomom dojke.

Pri zaključevanju izvidov eksfoliativne citopatologije pomagajo citopatologom presejalci. So fakultetno ali univerzitetno izobraženi strokovni sodelavci, ki pregledujejo vzorce brisov materničnega vratu (BMV). V preparatih skušajo najti atipične celice, ki jih označijo, ocenijo stopnjo atipije in pokažejo citopatologu, ki poda dokončno diagnozo. Na področju presejanja BMV predstavlja njihovo delo prvo bojno črto v preprečevanju razvoja raka, saj iz številnih brisov, ki pridejo na pregled izločijo tiste, ki so normalni od tistih, ki so atipični. V primeru normalnih BMV izvide sami zaključijo, v primeru atipičnih BMV pa označijo spremembe in jih pokažejo citopatologu, da dokončno oceni stopnjo atipije. Presejalci so zanesljivi, potrpežljivi in vztrajni sodelavci, izurjeni, da odkrijejo majhne spremembe na celicah.