OI Ljubljana
Eng

Določanje genotipa iz tumorskega tkiva

Metoda. Za testiranje prisotnosti mutacij v genu KRAS in NRAS uporabljamo kvantitativni PCR in/ali sekvenciranje. Določamo najpogostejše mutacije v eksonih 2-4.

Shema testiranja RAS genov:

V družino RAS ( »Rat sarcoma«) proteinov uvrščamo male GTP-aze, ki se nahajajo v notranjosti celice in sodelujejo pri znotrajceličnih signalnih poteh. RAS proteini delujejo kot molekularna stikala. Značilna G-vezavna domena jim omogoča, da preklapljajo iz neaktvine RAS-GDP oblike, v aktvino RAS-GTP obliko. Čeprav so RAS proteini udeleženi v več signalnih poteh, je najbolj raziskana MAP (mitogen-activated protein)-kinazna signalna pot s katero celica uravnava osnovne celične procese kot so delitev, diferenciacija, preživetje, angiogeneza, adhezija in migracija. Zaradi somatskih mutacij v genih RAS je MAPK signalna pot v celicah tumorskega tkiva pogosto okvarjena. Gene iz družine RAS zato uvrščamo med protoonkogene. V družino genov RAS uvrščamo več kot 30 genov od katerih so v humanih celicah najpomembnejši KRAS (V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog), NRAS (Neuroblastoma RAS viral oncogene homolog) in HRAS (Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog).

Predstavnika genov, ki kodirajo RAS proteine sta gena KRAS in NRAS. Pri bolnikih z metastatskim rakom debelega črevesa in danke najdemo somatske mutacije v genu KRAS pri približno 40%, mutacije v genu NRAS pa pri 1-6 % vzorcev tumorskega tkiva. Večina somatskih mutacij v genih KRAS in NRAS se nahaja v eksonu 2 in 3 v manjši meri pa še na eksonu 4. Aktivacijske mutacije spremenijo protein tako, da mu zvišajo afiniteto za vezavo GTP. Tako nastane stalno aktivna oblika proteina, ki ni odvisna od vezave ligandov na receptor za epidermalni rastni dejavnik (EGFR) in so zato tumorske celice manj občutljive za delovanje inhibitorjev EGFR (slika). Zato in zaradi neželjenih stranskih učinkov zdravljenja z inhibitorji EGFR je nujno, da se pred pričetkom zdravljenja opredeli genotip genov KRAS in NRAS.

Seznam najpogostejših mutacij v genu KRAS:
Ekson 2:
Kodon 12: p.Gly12Ala, p.Gly12Asp, p.Gly12Arg, p.Gly12Cys, p.Gly12Ser, p.Gly12Val Kodon 13: p.Gly13Asp,
Ekson 3:
Kodon59: p.Ala59Thr
Kodon61: p.Gln61His, p.Gln61Arg, p.Gln61Leu
Ekson 4:
Kodon 117: p.Lys117Asn p.Lys117Arg, p.Lys117Glu
Kodon 146: p.Ala146Pro, p.Ala146Val

Seznam najpogostejših mutacij v genu NRAS:
Ekson 2:
Kodon 12: p.Gly12Asp, p.Gly12Ala, p.Gly12Arg, p.Gly12Cys, p.Gly12Ser, p.Gly12Val Kodon 13: p.Gly13Arg, p.Gly13Val
Ekson 3:
Kodon 59: p.Ala59Thr
Kodon 61: p.Gln61Arg, p.Gln61His, p.Gln61Leu in p.Gln61Lys c
Ekson 4:
Kodon 117: p.Lys117Arg
Kodon 146: p.Ala146Thr

 

 

 

© 2018 - Onkološki inštitut Ljubljana