Za vrsto zdravljenja HCC se odločimo glede na tumorski stadij bolezni, stanje jetrnega tkiva in splošno bolnikovo stanje. Kirurško zdravljenje je možno v 15-30  % in predstavlja edino zdravljenje HCC, ki je usmerjeno na vzrok. Zaradi razširjenosti bolezni, stanja jetrnega tkiva in anatomskih značilnosti kirurško zdravljenje pogosto ni mogoče. Med načine lokalnega zdravljenja HCC spada tudi kemoembolizacija, katere namen je s pomočjo kemoterapevtikov zavreti rast in zamašiti prehranjevalno žilje tumorja. HCC lahko v določenih primerih zdravimo s presaditvijo jeter. Razširjen HCC, po trenutno veljavnih smernicah, zdravimo s tarčnim zdravilom sorafenibom.
Hepatoblastom zdravimo v prvi vrsti z večtirno predoperativno kemoterapijo, ki ji sledi kirurška resekcija, pri kateri odstranimo tumor z delom jeter, iz katerega izvira.  

Bolnike, zdravljene zaradi HCC, je po resekciji ali drugih oblikah zdravljenja potrebno redno spremljati s kliničnimi pregledi, UZ-preiskavo in kontrolo tumorskega označevalca AFP. Pregledi so prvo leto po operaciji na 3-4 mesece, nato dvakrat na leto.