Na Onkološkem inštitutu (OI) sta ločeni organizacija in izvajanje zdravstvene dejavnosti.

Organizacija sledi zahtevam statuta OI, ki v okviru zdravstvenih dejavnosti navaja sedem strokovnih področij:

• diagnostična dejavnost,
• sektor operativnih strok,
• sektor radioterapije,
• sektor internistične onkologije,
• dejavnost celostne rehabilitacije,
• dejavnost zdravstvene nege in oskrbe,
• lekarna.
   

Izvajanje zdravstvene dejavnosti je namenjeno predvsem bolnišnični in ambulantni oskrbi bolnikov OI. Sodobna obravnava bolnikov zahteva ambulantno izvedbo diagnostike, v terapiji pa prehod z večdnevnih na enodnevne hospitalizacije in ambulantno zdravljenje. Večdisciplinarna obravnava bo privedla do združevanja bolnišničnih oddelkov po diagnozi (npr. za bolnike s tumorji prebavil) in ne več zgolj po načinu trenutnega zdravljenja (npr. obsevanje, sistemsko zdravljenje).