Oddelek za patologijo izvaja histopatološko in avtopsijsko dejavnost za potrebe Onkološkega inštituta, na nekaterih področjih pa tudi za druge zdravstvene ustanove v Sloveniji.

Na leto na oddelku pregledajo okrog 7000 bioptičnih vzorcev, pri čemer približno polovico predstavljajo vzorci rakastih tkiv.

Strokovno in raziskovalno delo oddelka je usmerjeno predvsem v naslednja področja:

• tumorji dojke,
• tumorji krvotvornih in limfatičnih tkiv,
• tumorji prebavil,
• tumorji ščitnice,
• tumorji mehkih tkiv in kosti.

Oddelek opravlja tudi konzultacijsko dejavnost za patologe iz slovenskih bolnišnic ter skrbi za njihovo strokovno izpopolnjevanje, zlasti z organizacijo rednih slide seminarjev, ki se jih poleg slovenskih udeležujejo tudi patologi iz sosednjih držav.