Strokovni svet OI je kolegijski strokovni organ, ki načrtuje, obravnava in usmerja strokovno dejavnost OI.

Odloča o strokovnih vprašanjih v skladu s pooblastili, ki so določena v tem statutu, in v skladu z ekonomskimi možnostmi zavoda. Vodi ga strokovni direktor, člani pa so še predstojniki sektorjev operativnih dejavnosti, radioterapije, internistične onkologije in predstavnik diagnostične dejavnosti.

Strokovni svet Onkološkega inštituta predstavljajo:

• izr. prof. dr. Irena Oblak, dr. med., strokovna direktorica
• doc. dr. Gašper Pilko, dr. med., predstojnik sektorja operativnih dejavnosti
• doc. dr. Tanja Marinko, dr. med., predstojnica sektorja za radioterapijo 
• prof. dr. Janja Ocvirk, dr. med., predstojnica sektorja internistične onkologije
• izr. prof. dr. Veronika Kloboves Prevodnik, dr. med. predstavnik diagnostične dejavnosti

Na seje strokovnega sveta so vabljeni generalni direktor, pomočnik strokovnega direktorja za raziskovanje in izobraževanje ter pomočnik strokovnega direktorja za področje zdravstvene nege glavna medicinska sestra.