Strokovni svet OI je kolegijski strokovni organ, ki načrtuje, obravnava in usmerja strokovno dejavnost OI.
Odloča o strokovnih vprašanjih v skladu s pooblastili, ki so določena v tem statutu, in v skladu z ekonomskimi možnostmi zavoda. Vodi ga strokovni direktor, člani pa so še predstojniki sektorjev operativnih dejavnosti, radioterapije, internistične onkologije in predstavnik diagnostične dejavnosti.
Strokovni svet Onkološkega inštituta predstavljajo:
Na seje strokovnega sveta so vabljeni generalni direktor, pomočnik strokovnega direktorja za raziskovanje in izobraževanje ter pomočnik strokovnega direktorja za področje zdravstvene nege glavna medicinska sestra.