Onkološki inštitut izdaja številne strokovne in znanstvene publikacije. Publikacije so v tiskani obliki dostopne v Strokovni knjižnici OI. Seznam vseh monografij, ki jih izdaja OI, je redno ažuriran in dostopen v katalogu COBISS.

Smernice in klinične poti za obravnavo bolnikov z rakom so zbrane TUKAJ. 

Onkološki inštitut izdaja strokovno-znanstveni časopis za zdravnike Onkologija (ISSN 1408-1741). Publikacija prinaša prispevke strokovnjakov z raznih področij medicine in osnovnih znanosti, s poudarkom na pomembnih informacijah o razvoju in uporabnosti novih metod v praktični onkologiji.

Revija Radiology and Oncology (ISSN 1318-2099) objavlja znanstvene prispevke v angleškem jeziku. Namenjena je tako slovenski strokovni javnosti kot tudi širšemu mednarodnemu prostoru.

Na naših spletni straneh hranimo tudi publikacije s strokovnih dogodkov OI (Dnevi internistične onkologije, ESSO Course on Electrochemotherapy of Cutaneous and Deep Seated Tumors, Izbrane vsebine iz področja zdravstvene nege onkološkega bolnika z bolečino, Izobraževalni dan programa ZORA, Izzivi sodobnih pristopov onkološke zdravstvene nege in zdravljenja, Obnovitveni kolposkopski tečaj, Obravnava bolnikov z malignimi limfomi, Onko-nefrološka šola, Onkološka zdravstvena nega in onkologija, Onkološki vikend, Podporno zdravljenje bolnikov z rakom, Seminar In memoriam dr. Dušana Reje (Slovenija proti raku), Senološko strokovno srečanje, Slovenski kongres paliativne oskrbe, Summer school in medical oncology, Šola malignega melanoma, Šola o ginekološkem raku, Šola o sarkomih, Šola pljučnega raka, Šola raka dojk, Šola raka prostate, Šola tumorjev prebavil).

V elektronski obliki so dostopni zborniki Onkološki vikend ter publikacije, namenjene bolnikom in njihovim svojcem.

Publikacije za laično in strokovno javnost so dosegljive tudi na spletnih straneh državnih presejalnih programov ZORA in DORA.