Določanje genotipa PDGFRA
Uvod. Genotip gena PDGFRA določamo pri bolnikih z gastrointestinalnimi stromalnimi tumorji (GIST). Mutacije v genu PDGFRA so prisotne pri 5 do 10 % bolnikov z GIST. Večinoma najdemo točkovne mutacije v eksonu 18 (najpogosteje D842V). V manjšem deležu najdemo točkovne mutacije v eksonu 12 (najpogosteje V561D), redko pa tudi v eksonu 14 (najpogosteje N659X). Redkeje so prisotne delecije, zelo redko pa duplikacije in insercije. Mutacijski status gena PDGFRA pri bolnikih z GIST uporabljamo kot napovedni dejavnik za odzivnost bolnika na tarčno zdravljenje z zaviralci tirozin kinaze (slika 1). Najbolj pogosta mutacija D842V povzroči neodzivnost na zdravljenje, večina ostalih mutacij pa je odzivna na zdravljenje z zaviralci tirozin kinaze. Na podlagi rezultatov analize mutacij se zdravnik odloči za vrsto zdravljenja, ki je najbolj primerna za bolnika. Med zdravljenjem z zaviralci tirozin kinaze redko pride do nastanka sekundarnih mutacij, ki večinoma povzročijo neodzivnost na zdravljenje. Zato je smiselno po določenem času testiranje ponoviti.
Slika 1: Struktura receptorja PDGFRA z označenimi domenami (a, b, c, d, e) in eksoni, v katerih najdemo značilne primarne ( 
) in sekundarne ( 
) mutacije ter odgovor tumorjev (
,
) s temi mutacijami na tarčna zdravila (IM, SU).
a – zunajcelična regija, b – transmembranska regija, c – povezovalna domena, d – kinazna domena 1, e – kinazna domena 2, - ni odgovora na zdravljenje, - dober ogovor na zdravljenje, IM – imatinib, SU – sunitinib.
Vrsta vzorca. Tumorsko tkivo vklopljeno v parafin (FFPE); možno tudi sveže ali zamrznjeno tumorsko tkivo.
Metoda. Na oddelku za molekularno diagnostiko analiziramo eksona 12 in 18 gena PDGFRA z metodo neposrednega sekvenciranja.
Čas potreben za preiskavo. 2 tedna od prejema vzorca
Reference:
- Lasota J, Miettinen M. Clinical significance of oncogenic KIT in PDGFRA mutations in gastrointestinal stromal tumors. Histopatology 2008; 53: 245-266.
- Corless CL, Schroeder A, Griffith D, Town A, McGreevey L, Harrell P, Shiraga S, Bainbridge T, Morich J, Heinrich MC. PDGFRA mutations in gastrointestinal stromal tumors: frequency, spectrum and in vitro sensitivity to imatinib. J Clin Oncol 2005; 23 (23): 5357-64.
- Grgić M, Novaković S. Določanje mutacij v genih c-KIT in PDGFRA pri bolnikih z gastrointestinalnimi stromalnimi tumorji. Onkologija 2014; XVIII (1): 9-12.